Tarihin çeşitli dönemlerinde Abbasîler, Selçuklular, Karakoyunlular gibi devletlerin bir ticaret merkezi haline gelen Pertek, bu özelliğini Osmanlılar döneminde de sürdürmüştür. Pertek adının Selçuklular döneminde Oğuz boyları tarafından kaleye dikilen siyah renkli tunçtan yapılmış bir kuş heykelinden alındığı anlaşılmaktadır. Bolluk ve bereket sembolü olarak kaleye dikilen bu kuş "PERTEK" "PİRTEK" adları ile bilindiğinden yerleşim birimi, rengine izafeten "KARAKUŞ" adıyla da anılmıştır.

Selçuklular zamanında yapılan kale, han, hamam, camiler, medreseler ve aş evlerinden oluşan bir külliyeye sahip olan Pertek aynı zamanda bir eğitim merkezi olarak tarihteki yerini almıştır. Mengüç Bey ve sülalesi tarafından yönetilen Pertek'te bu döneme ait çeşitli yapılar mevcuttur. Yukarıda da belirttiğimiz gibi külliyeden geriye kalan yapılardan cami Pertek İlçe Merkezine taşınmış, ancak dönemin tarih kalıntılarından en ilginci olan; "CİNCİKLİ ODA" adıyla bilenen yapı Keban Baraj Gölü suları altında kalmıştır.

19. yüzyıl sonlarında Mamuretü'l Aziz Vilayeti Dersim (bugünkü Tunceli) Sancağının Çarsancak (bugünkü Akpazar) kazasına bağlı bir nahiye olarak yönetiliyordu.
Hicri 1290, Milâdi 1885 yılında Belediye teşkilatı kurulmuş olup bu dönemden kısa bir süre sonra Sivastopol kuşatmasına katılan Serdar-ı Ekrem Ömer Paşa gelerek şimdiki Camii Kebir Mahallesinde (Şorgu) büyük bir konak yaptırmıştır. Osmanlılar döneminde Pertek aynı zamanda canlı bir sanat merkezi haline gelmiştir.

1872 Elazığ vilayet tutanaklarına göre Pertek merkez ve köylerinde 25000 kişinin yaşadığı tespit edilmiştir. Osmanlıların son zamanlarında Tunceli yöresinde çıkan isyanlar sırasında zaman zaman Pertek abluka altına alınmış. 1916'da Tunceli vilayeti teşekkül edilince Tunceli'nin ilçesi durumuna gelen Pertek, 1937 yılında diğer ilçelerle birlikte Elazığ'dan yönetilmeye başlanmıştır. 1947'de Tunceli'nin tekrar il olarak teşekkülü ile birlikte Pertek de diğer ilçelerle birlikte Tunceli ilinin bir ilçesi durumuna gelmiştir.